中华人民共和国对外贸易经济合作部和中华人民共和国铁道部负责中外合营铁路货运公司的审批。设立中外合营铁路货运公司，申请者应当提交下列文件：申请书和项目建议书；可行性研究报告：中外合营合同和公司章程；申请者的法律证明文件和资信证明文件；中外合营铁路货运公司法定代表人的委托书和董事会成员的名单及简历；外经贸部和铁道部要求的其他文件。
申请设立中外合营铁路货运公司，按以下程序办理：①申请者向铁道部提出规定的全部文件。铁道部自接到全部文件之日起，2个月内决定批准或者不批准。投资规模3000万美元及其以上项目，由铁道部转报国家发展计划委员会审批立项。经审查符合中外合营铁路货运公司设立要求并批准立项的，由铁道部核发《铁路货物运输经营许可证》。②申请者通过铁道部将合营合同和章程转报外经贸部审批。申请者凭批复文件在外经贸部办理《外商投资企业批准证书》。③申请者凭《铁路货物运输经营许可证》、《外商投资企业批准证书》，在规定的期限内，依照公司登记的有关规定，向工商行政管理机关办理企业注册登记。④中外合营铁路货运公司需要在国内、国外和港澳地区设立分支机构的，应报铁道部和外经贸部批准。铁道部根据铁路运输能力状况和铁路运输市场发展需要，审批立项及颁发《铁路货物运输经营许可证》。
中外合营铁路货运公司的经营期限由中外合营双方在合同中约定，一般不得超过20年。出资建设或购买线路和站场设施的中外合营铁路货运公司的合营期限可适当延长。合营期满后，中外合营双方经协商同意继续经营的，应当报经原审批机关批准。中外合营铁路货运公司成立后，其合营合同、章程的修改，须通过铁道部转报外经贸部批准。
